Kemono Jihen bercerita tentang seorang anak yang dikenal sebagai Dorota-bou yang dihindari oleh orang-orang disekitarnya, dan Inugami, seorang detektif yang mengkhususkan diri dalam hal gaib. Cerita dimulai dengan Inugami tiba di kota anak itu untuk menyelidiki kasus di mana banyak ternak yang mati dan tubuh mereka membusuk hanya dalam satu malam.
