Naik bus suatu hari, Sakurakouji Sakura melihat ke luar jendela untuk melihat orang-orang yang dibakar hidup-hidup dengan api biru dan anak laki-laki seusianya yang terluka dan berdiri atas orang-orang.Dia datang kembali ke tempat itu pada hari berikutnya dan tidak ada mayat atau bukti dari segala jenis pembunuhan, hanya api kecil. Dia kemudian pergi ke kelas untuk menemukan ada siswa pindahan baru, Ogami Rei, yang tampak persis seperti anak dia melihat sebelum dan memakai sarung tangan hitam hanya di tangan kirinya.Ogami adalah Code Breaker, orang yang “tidak ada”. Dia adalah pembunuh yang tampaknya berdarah dingin yang mengikuti prinsip “mata dibalas mata”, untuk “menggunakan kejahatan melawan kejahatan”. Meyakini bahwa membunuh adalah tidak benar, Sakurakouji menetapkan untuk menghentikannya dan menembus jantung dingin nya.
